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除此之外,鱷魚還有一套堅固而柔韌的皮膚盔甲,背部骨化的皮膚除了起保護作用之外,還具有積累熱量的作用,其內部充滿細小的血管。
鱷魚的聽覺、視覺和嗅覺進化到了幾乎完.美的程度。鱷魚的耳孔和鼻孔都具備可移動的皮膚邊緣,在它潛水時可以施加保護。它的眼睛有三層眼瞼,外一層角質化的眼瞼幾乎不可移動,而下面一層皮質的眼瞼在睡眠和攻擊獵物的時候閉合。在潛水的時候,有一層透明的膜保護它的眼睛。
鱷魚還有特殊的皮膚感覺器.官,它們是上下頜和眼睛附近皮膚上的微小孔隙(上頜內部的皮膚上也有發現)。在鱷魚和長吻鱷中,皮膚感覺器.官還分布在腹部、尾巴根部和泄殖腔附近。雖然它們的功能還沒有完全被搞清楚,不過人們推測它除了氣味和觸覺,還可以感受水的振動,所以鱷魚可以在渾濁而不透明的水中進行捕獵。
鱷魚是非常聰明的動物。它們的大腦在爬行動物中可以算是大和完.美的了,和鳥類大腦的結構非常相似。一些科學家認為鱷魚的智力可以家鼠相比。